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朱由检只好耐心解释每一项训练的目的和可能的效果，秦永年依然没有听懂，但自从朱由检的演说过后，他对朱由检就另眼相看，也许朱由检继承了太祖成祖的军事基因，所以就没有反对，让朱由检先练起来，一切看效果再说。反正现在的奋武营就是半死不活，再怎么训练也不会差到哪。就像后世家长给孩子补课，绝大部分家长也没指望孩子能在老师那学到多少课外知识，关键是孩子在老师那儿，就不会去泡妞、打架、吸毒……
朱由检的训练计划主要有四项：
一是队列，立正、稍息、向左向右向后转……这是以训练士兵的纪律为目的，军人以服从为天职，没有严格的纪律，无论什么兵法战法，一旦遇到恶战，必定会溃败。
二是跑步和举重，二十里四十里负重跑、举重训练……这是以训练士兵的体能为目的，无论是集体作战还是单兵作战，良好的体魄都是军队调动和格斗的基础。
三是格斗，长枪兵格斗、刀盾兵格斗、长枪兵刀盾兵相互格斗……这是训练士兵的实战能力为目的，纪律和体魄是士兵战争的基础，但军队要形成强悍的战斗力，必须要经历格斗，甚至是流血。
四是射箭，靶位有五十米、六十米、八十米……这是训练士兵的远程打击能力，明军虽然有火绳枪与火炮，但火绳枪的质量难以符合战场的要求，射程也不如弓箭，远远不能取代弓箭，火炮威力巨大，射程也比弓箭远得多，但火炮发射速度慢，又过于沉重，不利于运输，主要用于城市的防守。火绳枪与火炮，要取代弓箭，必须要发展和改良。
朱由检将奋武营进行简单的改编，他从各营抽出了三百名精壮士兵组成特战队，由忠贞、机灵的千户王慕九统领。特战队主要用于攻坚战，也可以作为营部的直属卫队，他们的训练量要远大于其他士兵；其余的六千士兵分为步兵卫和骑兵卫，有原来的卫指挥使李红军和刘玉栓统领；所有的士兵都学习马术，将来都要配战马，如果没有战马，步兵将跟不上骑兵的节奏。
十天的训练，士兵们的士气有所提高，训练也逐渐正规化。但大运动量的训练，士兵们感到非常疲劳，少数士兵甚至在背后口出怨言。
没有战争的威胁，高质量的训练就难以维持。至少在部分士兵们的心目中是这样的。既然没有战争的威胁，那朱由检所说的更好地保存自己，便没有实质上的意义。
这是军队训练遇到了瓶颈，没有战争，过去的刺激作用不足于维持士兵的斗志。所以要维持军队旺盛的斗志、高昂的士气，必须有战争。适当规模的战斗，才能保持军人的斗志和士气，提高军人的战斗力，十年、二十年乃至三十年没有任何战争和战争威胁的军队，肯定像大明这样退化成只会种地的府兵。奋武营现在没有战斗任务，朱由检必须寻找新的方式，维持甚至强化士兵的斗志。